机动战士高达 TWILIGHT AXIS,机动战士高达 阿克西斯的暮光宇宙世紀0096年、ラプラスの箱＝宇宙世紀憲章をめぐる事件後から数か月が過ぎたころ　　地球連邦軍は地球圏外に漂う、分断されたアクシズに調査団を派遣させる。　　調査団のメンバーには、アルレット?アルマージュとダントン?ハイレッグという二人の民間人も参加していた。　　彼らはかつて技術者とテストパイロットとして、ジオン公国軍、そしてネオ?ジオンに仕官していたという過去があったのだ。　　アクシズに潜入した調査団は、誰もいないはずの基地内で強襲を受ける。　　そしてアルレットとダントンは、想像もしていなかった出来事に遭遇するのだった…。