万山剿匪记故事发生在抗日战争末期（1944年冬），当时一对九人日军小分队奉命进山寻找藏有以前存放细菌武器的山洞。而在同时，山里的唯一一户人家也在给自己死去多年的爷爷过生日而杀猪庆祝，家里的老太太拿着死去老伴的二胡正在感慨万千。就在这个时候九人小分队冲进院落并最终兽性大发将一家人除逃走的三个儿子外全部杀死。离开后日军小分队终于在后山里找到了山洞可是他们突然发现自己无法下山回去复命了，因为纯朴的中国老百姓已经被日本鬼子的兽性激怒了。兄弟仨人要报仇！于是展开了一场三个农民儿子与九个武装到牙齿的日军的战斗。三个原本纯朴的老百姓利用手中的大刀、斧头、绳子、铡刀、铁叉等农具对鬼子的三八大盖和刺刀，整整竟将鬼子困了将近两年时间。他们利用熟悉的山势和地形将日军困在山洞里不敢下来直至一个个耗死。而这两年间老大战死了，老三战死了，只剩下最胆小的二喜，鬼子这边也只剩下了残酷至极的鬼子队长。此刻电影也进入高潮。此时的战斗成为了两个人的战斗。每天的骚扰，每夜的石块袭击，每晚的叫骂成为战斗的主题。在这个战斗中已经没有了农民和士兵，有的只是“我要杀你”。冬去春来，秋去冬来。两个人之间的战斗每天都在上演，两个人每天睁开眼的唯一目的就是去杀死对方。二喜要对方杀人偿命，鬼子队长要下山完成任务。就在僵持中时间已经过去两年之久，两个人之间的比拼却还在继续。直到我们的解放军来到这个已经看上去荒芜了许久的山村，才发现在这里竟然还存有这样一场特殊的战斗。最终鬼子队长在绝望中自杀，二喜在“我终于报仇了”的呐喊中喜极而泣。