MAJOR 2nd Seasonメジャーリーガーの父（吾郎）を持つ、主人公・茂野大吾と親友の佐藤光、佐倉睦子たちの友情を描いた前作（第１シリーズ）から２年―。小学６年生だった大吾や睦子は、中学２年生の春を迎えていた。姉・いずみも通っていた私立風林中の野球部に進んだ大吾たち。ところが、先輩の多くが抜け、残されたメンバーは個性的な女子ばかり。そこにクセの強い新入生たちもやってきて…。山あり谷ありの中学野球部ライフが幕を開ける！？