十六岁症候群讲述比男生更有男子气概的主角?东息吹（竹内爱纱），被大家当做帅哥崇拜，他的美少女青梅竹马?织田泽芽衣（武田玲奈）因为小学时候发生的诱拐事件而让她患有男性恐怖症，息吹于是决心保护她。出现在两人面前的是轻浮男浅田睦巳（板垣瑞生），起初以玩游戏般的心态想把芽衣追到手，但浅田渐渐地开始动了真情，息吹的心开始有所动摇。此外，小可爱男同学樱井直（优太朗）的出现，会演变成四角关系！ ？息吹对芽衣的感觉是责任感还是纯爱？浅田的登场让息吹知道作为女性的恋爱心情，进而让大家的关系也发生了微妙变化。